A Representação do Governo do Estado de Santa Catarina em Brasília foi criada em 1975, sob a Lei nº 5089 que estabeleceu a organização administrativa estadual. Sancionada pelo então governador Antonio Carlos Konder Reis, determinou que esta representação administrativa do Governo do Estado na Capital da República e em outras cidades do País seria exercida, mediante convênio, pelo Banco do Estado de Santa Catarina, o extinto Besc, com interveniência da Companhia de Desenvolvimento do Estado de Santa Catarina (Codesc).

Em 1979, o governador Konder Reis sancionou a Lei nº. 5516, estabelecendo diretrizes para a modernização administrativa, mas manteve a representação em Brasília nos mesmos moldes da lei anterior. Com a posse do governador Pedro Ivo Figueiredo de Campos, a estrutura organizacional do Estado foi alterada e, com isto, mudou-se o nome da representação. Sob a Lei nº. 7375/1988 ela passou a se chamar Secretaria Especial em Brasília, vinculada ao Gabinete do Governador. A ela competia coordenar e desenvolver as atividades de representação dos interesses administrativos do Governo do Estado e, quando solicitada, dos Municípios e da sociedade catarinense perante os órgãos do Governo Federal e representações diplomáticas.

Em 1991, com a sanção da Lei nº 8245 pelo Governador Vilson Pedro Kleinubing, novamente resgatou-se a denominação de Representação do Governo de Santa Catarina em Brasília, com atividades coordenadas pela Secretaria de Estado da Casa Civil. Quatro anos depois, a representação passou por mais uma mudança. Com a sanção da Lei 9831/1995 pelo governador Paulo Afonso Evangelista Vieira, passou a se chamar Diretoria de Representação Governamental e foi mantida sob coordenação da Secretaria de Estado da Casa Civil. No mesmo ano, em 1995, com intuito de dar agilidade ao acompanhamento dos processos judiciais de interesse do Estado junto aos Tribunais Superiores, a representação passou a abrigar também a Procuradoria Especial do Estado.

Com a Lei Complementar nº 243 de 2003 a representação do Estado em Brasília começou a ganhar a configuração atual, sendo criada a Secretaria de Estado de Articulação Nacional (SAN) e inaugurada a Casa de Santa Catarina. O órgão, ainda vinculado à Secretaria de Estado da Casa Civil, passou a ter status de Secretaria de Estado do Governo de Santa Catarina. Pouco tempo depois, em 2005, a Lei Complementar nº 284 vinculou a Secretaria de Articulação Nacional à Secretaria de Estado de Coordenação e Articulação. Esta última, conforme a Lei Complementar nº 534 de 2011, passou a ser denominada Secretaria de Estado da Casa Civil. Em 2007, a Lei Complementar nº 381 estabeleceu legalmente como atribuição da SAN o levantamento de informações no que se refere à aplicação do orçamento federal nos municípios e no Estado de Santa Catarina. Com a Lei Complementar nº 741 de 2019 a SAN chegou ao modelo atual, com competências para ações de interesse do governo, municípios e sociedade catarinense em Brasília.